一、概念不同：
地源热泵：是利用地球表层土壤中的水进行冬季供暖，夏季制冷。通过地源热泵系统在冬季从地表土壤中提取热量，将其存储在一个大的地下深井中，在夏季进行能量释放。通过系统的设计可以实现全年的供冷供热。
水源热泵：是利用地表水作为空调系统中的热源和冷源，可以做到全年节能，是一种非常好的节能技术。
二、工作原理不同：
地源热泵：以地表土壤作为空调系统中的热源和冷源，冬季将土壤中的热量提取到建筑结构内存储；夏季利用系统向建筑物供热或制冷。这种方式具有节能、环保、安全等优势，但因技术上仍不成熟，存在许多问题，且成本较高，应用范围受限制。
水源热泵：以水源作为空调系统的热源和冷源，可在夏季利用地下水作为空调系统中的冷源，冬季通过系统向建筑物供热或制冷；不受地理位置、地质条件、水源条件等限制；运行过程中不需消耗大气中的热量和其它能源，环境效益显著。
三、用途不同：
地源热泵：一般应用可应用于宾馆、商场、办公楼、学校、居民生活小区
等建筑，更适合于别墅住宅的采暖。
水源热泵：应用在多用于学校、医院、车站、宾馆酒店、商场、办公楼等大型公共建筑。小型的水源热泵更适合于别墅、住宅小区的采暖、供冷。
四、打孔方式不同
1.地源热泵是户外打孔，占地面积比水源热泵要大。地源热泵的打孔不需获得要审批手续。
2.水源热泵是在户外打水井，但现在政府部门对钻井审核非常复杂，水源热泵的打井还需要水务局批准。
五、成本费用不同
地源热泵：施工成本比较高，因为系统复杂，安装难度大。地源热泵对设计、施工和现场管理要求都很高，需要有专业技术人员参与。
水源热泵：施工成本相对较低。